Godine 1938. uz pomoć mještana Vrpolja sagrađena je prva pučka škola u Vrpolju. Prvi učitelj bio je Ivo Vrhovec. Iako pohađanje škole nije bilo obavezno, većina mladih ljudi htjela je naučiti čitati i pisati. Za starije osobe bio je organiziran tečaj opismenjavanja.

   Za vrijeme 2. svjetskog rata školu preuzima talijanska vlast i organizira rad na svom jeziku. Ubrzo biva ukinuta i zatvorena do kraja rata.

   Početkom 1945./46. godine ponovo je započela s radom i to po novom nastavnom planu i programu na hrvatskom jeziku. Prvi učitelj bio je Branko Belamarić. Ubrzo su izgrađene i otvorene nove škole u okolnim selima: Birnju, Danilu, Kraljicama, Vrsnom, Lepenici i Perkoviću.

   Škola uskoro prerasta u šestogodišnju školu. Zbog nedostatka stručnih učitelja (posebno stranih jezika) izlaskom iz škole Vrpolje nije se mogla upisati redovita srednja škola, pa su pojedini učenici iz Vrpolja nastavili osnovnu školu u Šibeniku.

   Školske godine 1956./57.godine za upravitelja škole dolazi učitelj Vinko Bujas. U to vrijeme škola je postepeno prerasla u osmogodišnju. Upravitelj škole V. Bujas dao je svojim stilom vođenja poseban pečat rada u ovoj školi. Učenici viših razreda uključivani su u razne izvannastavne aktivnosti poput uređenja školskog dvorišta i osnivanje pčelarske zadruge.

   Školske godine 1960./61. za upravitelja škole Vrpolje imenovan je učitelj Ivo Tomašić koji je kao i njegovi prethodnici živio i radio u školi.

   Krajem 1960. godine, točnije 13.11.1960. godine rješenjem Skupštine općine Šibenik OŠ Vrpolje postaje i službeno središte osmogodišnjeg školovanja sjeveroistočnog dijela općine Šibenik. U svom sastavu imala je osim matične škole Vrpolje i razredne odjele (1- 4. razreda) u Boraji, Lepenici, Vrsnom, Danilu i Birnju. Osam godina kasnije pripojena joj je i OŠ Perković sa svojim područnim školama u Sitnom Gornjem i Kraljicama.

   OŠ Vrpolje u to vrijeme imala je preko 900 učenika i 50 – ak učitelja i ostalih djelatnika. U MŠ Vrpolje nedostajalo je školskog prostora zbog čega je 1961. godine I.Tomašić pokrenuo akciju oko dogradnje započete zgrade zadružne prodavaonice u novu školsku zgradu s tri učionice. Mještani Vrpolja dali su svoj doprinos u dobrovoljnom radu, a posebno mladi Vrpoljani koji su u novoj zgradi dobili prostor za svoje djelovanje. Iste godine upravitelj I.Tomašić osniva KUD Vrpoljac. MŠ Vrpolje imala je osam učionica i radila je u dvije smjene.

   Godine 1981. nakon odlaska I.Tomašića u mirovinu imenovan je za ravnatelja Vinko Burazer nastavnik matematike i fizike, koji u školi radi neprekidno od 1964. godine. Nastavlja sa poboljšanjem uvjeta i rada u školi. Godine 1982. godine uz pomoć mjesnih zajednica i tadašnje mladeži radi se na izgradnji školskih igrališta. To je dalo novu kvalitetu u izvođenju nastave TZK-e, a istovremeno su školska igrališta postala mjesta sportskog života mladih ovog kraja. Krajem 80 – tih u PŠ Boraji uz pomoć tadašnje Općine i dobrovoljnog rada mještana uređene su nove prostorije za izvođenje nastave jer stara zgrada škole nije više bila u funkciji.

   Tijekom Domovinskog rata, a posebno 1993. godine, školu Vrpolje pohađali su brojni učenici iz Šibenika, Brodarice i Donjeg Polja. Kao škola u sigurnoj zoni ustupila je svoje prostore i OŠ Vidici i OŠ Petra Krešimira IV iz Šibenika.

   Godine 2007. godine V. Burazer odlazi u mirovinu. Na mjesto ravnateljice dolazi Marija Konjevoda nastavnica razredne nastave koja u školi radi od 1984. godine.

   Od šk. god 2019./20. u sastavu Osnovne škole Vrpolje su MŠ Vrpolje (1. - 8.razredi) i PŠ Perković (1. -8.razredi)